夏休みの間近、ある田舎の学校で「トイレの花子さん」という噂が流行り始めた。特に女子生徒たちの間でその話は熱を帯び、多くの生徒が恐怖心を抱きつつも興味津々でその話を囁き合っていた。
ある日、三人の女子生徒・美紀、理沙、佳奈が真相を確かめようと決意する。放課後、学校の3階のトイレに向かった彼女たちは、ドキドキしながらも3番目の個室の前で手をつなぎ、「花子さん、いる？」と呼びかけた。
数秒の沈黙の後、彼女たちは低く、幼い女の子の声で「はい、いるよ」という返事を聞いた。驚きのあまり佳奈が悲鳴を上げ、三人とも逃げ出そうとしたが、その前にトイレの個室のドアがゆっくりと開き、中から小さな女の子の姿が現れた。
女の子は黒い髪を伸ばしており、昔の制服を着ていた。美紀は勇気を振り絞り、「あなたは花子さん？」と尋ねた。女の子は微笑んで頷き、「そう、私は花子。でも、怖い幽霊じゃないよ。ただの子供だよ」と答えた。
花子は、戦時中に学校で起きた事故で命を失い、その後も学校に留まっていたという。彼女は友達を作りたくて、生徒たちに話しかけていただけだった。しかし、時代が変わり、彼女の存在が都市伝説として語り継がれることになった。
三人の生徒たちは、花子が孤独であることを知り、彼女と友達になることを決意する。そして、夏休み中、彼女たちは花子との楽しい時間を過ごした。
夏休みが終わる頃、花子は「ありがとう、もう寂しくないよ」と微笑んで消えていった。彼女たちは花子の真実を知った唯一の生徒となり、その後も彼女のことを大切に思い出していた。
